Em 1959, a Madre Geral Constantina Baldinucci visitava o Território Federal do Amapá. Na ocasião,  trouxe o audacioso projeto de cooperar numa construção de madeira no terreno cedido pelo Governo local para o desenvolvimento cultural da juventude feminina que, na prática, significava um centro de formação de professores. A semente lançada começou a dar frutos em março de 1961, quando se iniciaram as aulas do Curso Primário. No dia 1º de abril, começaram as aulas do Curso Normal Regional, e, no dia 2 de maio, as aulas do curso ginasial, no prédio de propriedade da Associação Cultural Nossa Senhora Menina, que recebeu o nome de Ginásio Santa Bartolomea Capitanio. No início, essa obra  era anexa à Escola Doméstica de Macapá e as irmãs que atendiam a este novo colégio também moravam na Escola Doméstica

Em 1980, a instituição recebeu o nome de Escola de Primeiro Grau Santa Bartolomea Capitanio em substituição à denominação anterior de Ginásio Santa Bartolomea Capitanio. Em 1993, a Escola conquistou mais um espaço, com a implantação do 2º segmento do 1º Grau. Em 1997, foi implantado o Ensino Médio. Assim é que, de modo gradativo esse projeto educativo foi crescendo e, em 1996, a Escola de 1° Grau Santa Bartolomea Capitanio passou a denominar-se Colégio Santa Bartolomea Capitanio, apoiada em sua mantenedora a Associação Cultural Nossa Senhora Menina.

 O Colégio foi crescendo sempre mais estruturalmente e numericamente, ganhando assim a possibilidade de atuar com um projeto que tem como objetivo, formar o educando fiel a Deus e ao ser humano, através de um processo educativo norteado por valores cristãos.

Ao longo de sua história merecem destaques as irmãs pioneiras: Rosa Coran, Anna Maria Maltese, Cecília Corti, Maria da Paz Lacerda, Teresa Nunes. E também aquelas que, na condição de Diretoras, deixaram marcas profundas de dedicação e idealismo pedagógico-cristão: Irmã Ana Maria Maltese (1961-1965), Irmã Bernadete Coelho (1961-1995), Irmã Nelízia Pereira Colares (1995-2015), Irmã Zita Rubin entre (2015-2018). A partir de 2019, a direção passou a ser assumida pelo professor Giovanni Romelli, que ficou como diretor interino no primeiro semestre de 2018 e, em 2019 , foi nomeado Diretor titular do atual Colégio Santa Bartolomea Capitanio. 

 Hoje as Irmãs continuam presentes no Colégio, assumindo a educação formal como missão prioritária, mas atuam também em outros setores pastorais, sendo presença-serviço na Diocese de Macapá[1]

[1] Para maiores informações sobre o Colégio Santa Bartolomea Capitanio de Macapá, consultar o Livro de Giovanni Romelli, Colégio Santa Bartolomea Capitanio, 50 anos educando para a vida: uma proposta diferente. Macapá – AP, 2011, p. 107-142